四合院除了内宅、在外宅的院落之外，会形成一些小院子，正房两旁的耳房前的小院，以及外院两侧的屏门被隔开的小院。
内宅的院落中有正南北十字形的通道，老北京的住户大多数会在院子里栽树，松树、柏树和杨树等大多数种在坟地里不能栽种外，其他的各种树木都在种植，过去北京有民谚：“桑松柏梨槐，不进府王宅”，就是在庭院中种树的禁忌。
比较常见的有枣树、柿树等等，花木主要有牡丹、芍药、玉兰、丁香、海棠、紫藤、石榴等，在四合院内部种植枣树、石榴树寓意“早”生贵子、多子多孙，种柿子树表示着事事如意，种丁香、海棠，表示着主人有着惊人的身份和一定的文化修养。
还有养鱼的习俗，一般用直径为60到70厘米的鱼缸养着各种各样的鱼并种着荷花，冬天鱼缸还能用来存放食物。夏天时分，天气炎热，还可在庭院中搭设天棚遮阳，老北京有“天棚鱼缸石榴树，先生肥狗胖丫头”的俗语，就是家住北京的书吏人家的生活写照。
垂花门又称二门，整在内外院之间的隔墙上，在院落的中轴线上。旧时说的大户人家的闺女“大门不出，二门不迈”，指的就是不迈垂花门。垂花门的外檐柱不是从地上立起来的，而是在中柱的横木上，称为垂柱，垂柱的下端有一个垂珠，一般都是彩绘为花瓣的形式，因此称为垂花门。
垂花门是四合院中装饰最富丽的建筑。垂花门的屋顶通常是卷棚式，或一殿一卷式，门外为清水的脊式，门内为卷棚式。垂花门的门口有两道，一道是在中柱的位置上，白天开启，夜间关闭；另一道是屏门，在内檐柱位置上，平时关闭，起到了隔绝内院视线的作用。垂花门进入内院是经过垂花门两侧内檐柱与中柱之间空间进出，通常与抄手游廊相衔接。
垂花门的油漆十分漂亮，檐口椽头椽子油成为蓝绿色，望木油成红色，圆椽头油成为蓝白黑相套如晕圈之宝珠的图案，方椽头则是蓝底子的金万字绞或菱花的图案。前檐正面中心的锦纹、花卉、博古等等，两边倒垂的垂莲柱头是根据雕花纹，显得油漆更是五彩缤纷。