随着社会的进步，北京四合院的发展也跟随着时代的脚步，一次次以不同的姿态展现在人们的眼前，北京四合院的发展上，当然也出现诸多的问题。
要改变北京四合院设计的现状，就必须根据历史和城市发展的需要，对传统四合院街区进行有机更新。在四合院的保护和有机更新问题上，近10多年来一直争论不断。这种争论，是在对始于1990年代中后期的大规模拆除胡同四合院而代之以现代单元楼房的危旧房屋改造的反思开始的。
但是以拆除大量胡同四合院为代价的危旧房改造肯定是错误的。这样做尽管改善了部分北京市民的住房条件，却使北京这座历史文化名城的历史风貌和传统文化遭到了巨大破坏。危旧房改叫停之后，在如何解决北京旧城保护的问题上，一些人主张死保。
一些媒体也跟风炒作。使得市区两级政府莫衷一是，束手无策，无所作为。而合理的、正确的住张反而得不到实施。将近20年时间，北京在历史文化区保护和更新方面一直停滞不前，矛盾越积越多。
20年的实践证明，面目极左的死保主张，没有为北京四合院保护更新找到任何出路，只是白白耽误了近20年时间。
要使北京四合院这种为大家所钟爱的居住文化得以延续，必须根据历史和城市发展的需要，对四合院街区进行有机更新。具体做法是由真正专业的院所对历史街区进行科学合理的规划，保留其中的文物建筑和有价值的历史建筑（可以进行翻建）及名人故居，保护好原有的胡同肌理（对过窄的胡同可适当拓宽），妥善保护古树名木和历史遗迹。
拆除不符合风貌要求的红砖房和破旧房，按照老北京四合院的格局和风貌，认真地设计和建设新的四合院。只有这样才能使现有四合院保护区彻底改变城市杂乱和贫民窟的悲惨现状，而变成街区风貌依旧（这个旧不是现状的破旧，而是胡同四合院最具特点的历史风貌），文化传承延续，环境干净整洁，居住安恬舒适符合现代生活要求的传统风貌街区。有机更新以后的四合院，不再是普通的百姓住宅，而将成为高档住宅或高级会所。