北京四合院的院内一般不设厕所。北京胡同中都有被称为 “官茅房” 的公共厕所，各家各户大多也备有马桶，每天都有收粪人定时上门收粪，城中的排泄物会由安定门运出城，安定门就是北京内城九门中专走粪车的粪门。因此，人口少、占地小的小型四合院就不设置厕所了。
四合院的西南角是八卦的兑泽位，也是白虎位，是住宅中的凶位，须设镇物化凶。白虎虽然凶猛，但是惧怕污秽之物，所以大型四合院的厕所都设在西南角，就是用厕所的污秽物震慑白虎，具体就是倒座房最西边那一间。带有更道的大型四合院，一般都在更道中建个盝顶的小屋做茅房，这位置隐蔽，也是院落的下风口。
北方人有供奉灶王爷的习俗。灶王爷是道教中的神祇，是玉皇大帝派到人间监察百姓一家人口和日常生活的神官，担任官衔为 “九天东厨司命太乙天尊”，也叫 “东厨司命主”，主管厨房，身居东方。所以四合院的厨房都设在东边的房屋中。
四合院中具体以东边哪一间房当厨房其实也并无定式。有的用东厢房做厨房;有的用东厢耳房做厨房;还有在东厢房东边的更道空间设厨房，在东厢房的后檐墙上开个穿门，厨房里烹饪菜肴，从穿门端进东厢房，在餐厅摆桌用餐，这种形式的厨房只在有更地道的四合院中才能见到。
小户人家的四合院除了住人以外没有余房，通常把正房的堂屋兼做餐厅，把东厢用做厨房，这种设置在小型四合院中非常普遍。院落多的大型四合院，第二进院落的房屋都用作功能房：正房明间是接待贵宾的正式客厅，如有圣旨驾到，也是在这里接旨的;西厢房是来宾的等待区，也是客人的随从等候的地方，东厢房是厨房加餐厅，请客人用餐要 “移步东厢房”，所以现在把请客吃饭叫 “做东”，就是这么来的。