四合院文化中，风水占据了重要的地位。在北京四合院的营造过程中，确定四合院布局的顺序是先用罗盘校方位，找出院落的中轴线，然后根据街道走向和四合院在街道中的位置，用“后天八卦”等风水理论确定出大门的位置，最后再依据大门的位置确定院内各个房间的位置与使用功能的关系等。
仍以最典型的东西走向胡同内北侧的四合院为例，首先用罗盘定出南北方向，再在空间的中间并向东偏七度左右确定出中轴线，然后北房中轴线再向东逆时针稍微偏转“抢阳”，南房中轴线再向西顺时针稍微偏转“抢阴”，主要是避免南北房门口完全相对。在“抢阳”和“抢阴”的调整中，院落总体的中轴线保持不变。
院门面南临街，门开在南墙东侧，这在“后天八卦”中是“巽”位，是柔风、润风吹进的位置。因此，在风水理论中，“巽”位也是最重要的“吉位”。大门的位置一旦确定后，再依据“巽天五六祸生绝延”的口诀对照后天八卦图，按顺时针方向来确定整个四合院的布局。
巽是“和煦春风”，吉位;“天”是“天乙巨门”，吉位;“五”是“五鬼廉贞”，凶位;“六”是“六煞文曲”，凶位;“祸”是“祸害禄存”，凶位;“生”是“生气贪狼”，吉位;“绝”是“绝命破军”，凶位;“延”是“延年武曲”，吉位。
那么正南的“离”位对应“天”字、正北的“坎”位对应“生”字、正东的“震”位对应“延”字，均属“吉”位，在这些位置宜建高大的房屋，如正北的正房、正南的倒座房、正东的厢房。也因此在中国传统文化观念中，除了正北外，凡与“文”“礼”“吉”等概念相关的建筑都安排在东面或东南的“吉位”。例如，在北京四合院民居中，私塾要安排在东南角倒座房内，未成年的儿童要安排在东厢房居住，且在方位和季节概念中，东方属木、属春，利于儿童生长发育。厨房要安排在中院或东跨院的东南角，且木生火。
而西南的“坤”位对应“五”字，正西的“兑”位对应“六”字，西北的“乾”位对应“祸”字，东北的“艮”位对应“绝”字，均属“凶”位。在这些位置只应建不重要或较小的房间。也因此在中国传统文化观念中，凡与“武”“残”“污秽”等概念相关的建筑也都安排在西面或西南，以及东北或西北等“凶位”。例如，在北京四合院民居中，厕所放在前院、中院的西南角，或东跨院的东北角、西跨院的西北角。但由于院内形象又需要对称美观，所以西面也必须设厢房，只是在尺度上要比东厢房略小一点。