北京四合院是非常讲究绿化的，院内除通向各房间的十字形砖南路外，其余都是土地，可以用来植树、栽花、种草。在十字形甬路的中心位置，常常放一只荷花缸或鱼缸，缸内植荷养鱼。在正房前的绿地上，一般都植两株树，常采用的树种有海棠、丁香、槐树、枣树、石榴等，春可赏花，夏可纳凉，秋季结果，可谓春华秋实。
北京四合院里常种的花卉有菊花、牡丹、芍药、藤萝、茉莉、黄花、夹竹桃、榆叶梅，背荫处还可栽玉簪花。除去种在地上的花卉外，还有很多盆栽，可以任意搬动摆放，点缀庭院。四合院这一片小小天地，一年之中春、夏、秋三季花木扶疏，清香四溢，沁人心脾，情深味浓。
北京四合院除去一般性的庭院绿化外，在北京的四合院住宅中，附设私家园林者不乏其例。有些较为著名的花园，如今还基本保留着原来的面貌。北京现存的四合院住宅，大多是晚清和民国初年的遗物。