这关系到安全问题。 四合院建筑物的承载能力，受限于屋顶花园（绿化）下的梁板柱和基础、地基的承重力。由于四合院建筑结构承载力直接影响房屋造价的高低，因此四合院屋顶的允许荷载都受到造价的限制，只能在一定范围，特别是对原有未进行四合院屋顶设计的楼房进行屋顶绿化时，更要注意屋顶允许荷载。
由于植被下面长期保持湿润，并且有酸、碱、盐的腐蚀作用，会对防水层造成长期破坏。同时，屋顶植物的根系会侵入防水层，破坏房屋屋面结构，造成渗漏。四合院屋顶花园防漏还有个难点是：四合院屋顶上面有土壤和绿化物覆盖，如果渗漏，很难发现漏点在哪里，难以根治。
一是四合院建筑设计时要考虑屋顶绿化的特殊要求，如：四合院屋顶承重、屋顶防漏、照明、供排水、防漏等尽量考虑周全；二是进行屋顶花园设计时要因地制宜。屋顶花园的面积都不大，要在有限的屋顶面积内将雕塑、园路、灯光、水池、喷泉、花木、亭台小品、建筑风格等精致结合。
植物要在屋顶上生长并非易事，由于四合院屋顶的生态环境因子与地面有明显的不同，光照、温度、湿度、风力等随着层高的增加而呈现不同的变化。比如：四合院 屋顶太阳辐射强、升温快，暴冷暴热，昼夜温差大等。
所以需要根据各类植物生长特性，选择适合屋顶生长环境的植物品种。宜选择耐寒、耐热、耐旱、耐瘠，生命力旺盛的花草树木。花木最好选择袋栽苗，以保证成活。
传统的壤土不仅重量重，而且容易流失，如果土层太薄，极易迅速干燥，对植物的生长发育不利。如果土层厚一些，满足了植物生长，但四合院屋顶承受不住。因此，应该选用质地轻的无土基质来代替壤土。可以直接使用营养袋基质栽培的花木和无土栽培的草坪毯。
屋顶花园面积都不大，绿化花木的生长又受屋顶特定的环境所限制，可供选择的品种有限。一般宜以草坪为主，适当搭配灌木、盆景，避免使用高大乔木，还要重视芳香和彩色植物的应用。做到高矮疏密错落有致、色彩搭配和谐合理。