清代定都北京后，大量吸收汉文化，完全承袭了明代北京城的建筑风格，对北京的居住建筑四合院也予以了全部继承。清王朝早期在北京实行了旗民分城居住制度，令城内的汉人全部迁到外城，内城只留满人居住。这一措施客观上促进了外城的发展，也使内城的第宅得到进一步调整充实。
清代最有代表性的居住建筑是宫室式第宅，这就是官僚、地主、富商们居住的大中型四合院。称之为宫室式第宅，主要是因为它在规制、格局方面承袭了古代宫室建筑的特点。这种大中型四合院均设有客厅、饭厅、主人房、佣人房、车轿房等建筑，院落二三重乃至多重，气派而豪华。
明清北京四合院与元代四合院相比有较明显的变异，这主要表现在院落布局的变化、工字形平面的取消以及占地面积的减少。元代北京后英房等四合院遗址中， 前院面积较大，明清四合院前院(外 宅)面积较小，后院(内宅)面积增大，使院落面积的分配更趋合理。
明清 四合院还取消了前堂、穿廊、后寝连在一起的工字形平面布局代之以正房、厢房、抄手游廊组成的四合院式布局，这种变化同明清两朝北京城市居民成分的变化及由此带来的东西南北文化交流是分不开的。
此外，由于明清时期北京人口增长较快，元代每户八亩地的大院落已不敷分配，明清四合院占地普遍较小，小者一亩，大者也不过三五亩(王府等大型府第除外)。这些是明清四合院与元代四合院的主要区别。
清代四合院在北京的遗存很多，至今仍在沿袭使用，成为当今北京古都文明风景线的重要内容。北京四合院是我国古代诸多传统民居形式中颇具有代表性的一种。它集各种民居形式之长，在华 夏诸种民居建筑中堪称典范。
它的这些特点的形成，与北京作为六朝古都的特殊政治历史地位是分不开的。长期居住在北京这块土地上的各朝代贵族、士大夫阶层对家居环境有着相当高的要求，这就从各个方面促进了北京四合院的发展与完善；加上北京地区的地理位置、气候特点和传统民俗，共同构成了北京四合院独具特色的传统居住建筑文化。