四合院的结构，按照进深来说，有几重院落就说它是几进院。而从横向来说，则不是按进来计算了，而是用“跨”。横向有多少院子，就说有多少跨院。跨院一般出现在豪门大宅之中，寻常百姓是没有财力去建造跨院的。
位于四合院西边的跨院，被称之为西跨院。位于四合院东边的院子，被称之为东跨院。当然，跨院规模也可大可小，小的只有一侧有跨院，规模巨大的甚至有多重跨院，比如清末大学士、军机大臣那桐位于金鱼胡同的宅子就拥有七重跨院，并且每组院落有分别含有多进院子，一共有几百间房子，几乎占了小半条胡同。
有的四合院在主体院落的一侧设一个南北狭长的小跨院，跨院中的建筑也是长长的一条，面朝东或朝西。这种跨院的性质与后照院相似，-般也是用作厨房、杂役等附属用房。
多跨并联的四合院最适合子孙众多的大家族居住，各跨院落相对独立，但往往彼此之间有门连通，例如坐落在东厂胡同的清代大学士、两广总督瑞麟的宅第就是如此。一般两组院落相邻一侧的厢房彼此后墙相抵，也有的两组宅院之间设置一条窄窄的夹道。
四合院的组合形式有很多变化，并无一定之规，还可以随着实际情况的演变而作灵活的分合调整。例如一些单进的四合院和三合院可以前后串联组合在一起而又保持各自的门户独立。有的人家发迹，可能会收买邻居的房子，把若干较小规模的四合院组合成多跨院落的大型四合院格局。也有一些大户人家衰败后也可能会将一组院落分割成若干小型四合院出售。
总之，四合院结构虽然按照一定的布局来设计，但是样式却不尽相同。因此，在四合院设计的时候，也要根据宅主个人需求以及当地环境进行综合考虑。最终出来的设计方案，必然有着独属于自己的特色。